VARIANTS - Plus de 25.000 cas de Covid-19 détectés en 24 heures, un tiers des tests positifs, un système de soin au bord de l’implosion. Sur le point de rompre, New Delhi se reconfine ce lundi 19 avril, pour une semaine au moins. Les 20 millions d’habitants de la ville la plus touchée d’Inde se cloîtrent pour freiner une flambée épidémique, alimentée par les variants du coronavirus.

Parmi les coronavirus séquencés dans le pays, beaucoup de variants britanniques, dont on sait avec certitude qu’il est plus contagieux. Mais un autre variant, dont on sait peu de choses, est aussi en augmentation dans le pays et inquiète les scientifiques. Nommée B.1.617 ou “variant indien”, cette souche du virus du Covid-19 est au cœur de toutes les attentions.

À tel point que le gouvernement britannique a interdit ce lundi l’entrée au Royaume-Uni des voyageurs en provenance d’Inde, n’autorisant l’accès qu’aux résidents britanniques, qui devront observer une quarantaine à l’hôtel à leurs frais. Voici ce que l’on sait de B.1.617.

 Faut-il s’inquiéter de la découverte de B.1.617 ?

Découvrir un variant est courant. Partie émergée de l’iceberg, les quelques variants qui font l’actualité en masquent des milliers d’autres. Le Sars-Cov-2, à l’instar de nombreux virus, mute continuellement sans que cela ne soit forcément un danger.

B.1.617 a été catégorisé comme un “variant of interest (VOI)”, selon le site outbreak.info qui reprend la classification de l’OMS. Il possède des mutations sur des endroits clefs du génome du coronavirus, ce qui invite à la plus grande vigilance, car il pourrait être potentiellement plus transmissible et causer des infections.

“Au niveau scientifique, ce variant soulève de nombreuses interrogations. On sait qu’il est associé à l’explosion actuelle que subit l’Inde, mais il est toujours compliqué de distinguer cause et conséquence. Toutefois, certaines des mutations qu’il porte ont été décrites dans d’autres lignées de variants et pourraient être associées à une contagiosité plus élevée voire à un échappement immunitaire” détaille Samuel Alizon, directeur de recherche au laboratoire maladies infectieuses et vecteurs du CNRS.

Ce variant est parfois appelé “double mutant”, car il contient notamment deux mutations déjà connues, qui peuvent porter à conséquence : la mutation à l’endroit L452R du génome du virus, identifiée chez le variant californien et une autre, E484Q. Cette dernière est mal-connue, mais assez proche d’une autre mutation, E484K, commune aux variants sud-africain et brésilien.

“Pour le moment, il semblerait que B1.617 ressemble aux variants V2 et V3/P.1. Si cela se confirme, cela pourrait poser des soucis à moyen terme, car cela fragiliserait l’immunité de la population, vu que les personnes déjà infectées et celles vaccinées par les vaccins qui utilisent un vecteur type adénovirus - comme le vaccin AstraZeneca, Johnson&Johson ou celui de Chine - sont bien moins protégées face à ces mutations”, explique Samuel Alizon.

  Le variant indien est-il à l’origine de la nouvelle vague qu’affronte l’Inde ?

Lundi 12 avril, l’Inde est devenu le deuxième pays le plus touché par le Covid-19, alors qu’un confinement strict, de plusieurs mois, avait permis au pays de retrouver quelques moments de liberté ces dernières semaines. Samuel Alizon indique que le variant semble “associé” à la flambée épidémique indienne. Ce qui veut dire qu’on observe en même temps que la recrudescence des cas de Covid-19 dans ce territoire, l’émergence de B.1.617.

L’Inde séquence peu le coronavirus. Il est difficile d’affirmer avec certitude la répartition des variants, mais il existe quelques estimations éloquentes : dans l’État du Maharashtra, le variant indien est majoritaire à 55%, ce qui veut dire qu’il circule rapidement et semble disposer d’un avantage sur les autres Sars-Cov-2.

Dans le reste du pays, sa présence varie en 2 et 10%, selon Rakesh Mishra, directeur du Centre de biologie moléculaire et cellulaire (CCMB), interrogé par nos confrères du Monde [1].

[Graphique non reproduit ici.]

“La détection de B.1.617 en Inde coïncide avec une situation épidémiologique très défavorable, caractérisée par une forte augmentation du taux d’incidence des cas confirmés de COVID-19” détaille Santé Publique France, dans son rapport du 8 avril sur l’émergence des variants.

Les scientifiques émettent donc l’hypothèse que le variant indien pourrait, en étant plus contagieux ou en échappant partiellement à l’immunité, être à l’origine de la situation indienne. Rien n’est prouvé pour l’instant. D’autres explications sont plausibles.

En Inde, c’est la saison des festivités religieuses hindoues, marquées par un pèlerinage et des bains dans l’eau du Gange. “Il est vraisemblable que cette dégradation de la situation sanitaire soit au moins en grande partie due aux nombreux grands rassemblements qui ont eu lieu récemment partout dans le pays et à une faible adoption des mesures de prévention par la population générale”, explique Santé Publique France, dans le même document.

 Est-ce que le variant indien circule déjà en France et en Europe ?

Dans la base de données GISAID qui partage les séquences de SARS-CoV-2 au niveau mondial, pour le moment il n’y a que 182 détections de cette lignée virale en Europe, dont aucune en France.

“L’immense majorité (93%) des cas de B1.617 ont été détectés au Royaume-Uni, ce qui peut être lié à des liens plus forts avec l’Inde, mais aussi à une politique de séquençage plus importante”, précise Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS. 13 autres pays ont détecté ce variant, dont l’Allemagne, l’Espagne, l’Italie, la Suisse et la Turquie. “Il s’agit probablement de voyageurs revenant d’Inde”, souligne le chercheur.

Au Royaume-Uni, le variant progresse rapidement, en raison des liens étroits entre le pays et l’Inde. Ce qui laisse penser que B1.617 est à minima plus contagieux. Or, un virus plus contagieux impose une couverture vaccinale plus forte pour espérer vivre normalement à nouveau. En revanche, rien ne prouve que ce variant soit résistant aux vaccins, des études montrent tour à tour le contraire.

Quelques jours après les inquiétudes soulevées par le variant brésilien voilà qu’un autre variant interroge. Comment en finir avec ce chaud-froid permanent ? Les scientifiques rappellent inlassablement que leurs hypothèses ne sont pas des certitudes. Si B.1.617 inquiète, rien n’est encore inscrit dans le marbre.

Pour Samuel Alizon, cette situation montre l’importance de restreindre la diffusion du Covid-19, au-delà de l’impératif de vies humaines. “Plus on laisse le virus circuler, plus on laisse la porte ouverte à l’évolution virale, phénomène qui, au vu de ce que nous observons depuis fin 2020, invite à la prudence”, résume le chercheur.

Antoine Beau