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Nous naviguons dans la brume, mais l’iceberg commence à se dessiner. Une hausse “très récente” de suspicions du variant Omicron est observée en Île-de-France, a confirmé Santé publique France ce vendredi 17 décembre lors d’une conférence de presse.
Cette augmentation “est suivie avec beaucoup d’attention et n’était pas observée sur la semaine précédente”, et n’est donc pas détaillée dans le point épidémiologique Covid-19 de la semaine publié ce vendredi, précise l’agence de santé. Dans celui-ci, il est précisé que la proportion d’Omicron “reste stable”.
Officiellement, seuls 310 cas du variant Omicron ont été recensés en France au 16 décembre. Mais pour qu’un cas soit confirmé, il faut que le génome du coronavirus soit séquencé, ce qui prend beaucoup de temps. Pour être plus réactifs, les agences sanitaires et les chercheurs réalisent donc un “criblage” des tests PCR. Pour faire simple, disons que certains variants entraînent une petite “erreur” lors du test, liée à certaines mutations. Une erreur de ce type permet de suspecter la présence d’une souche particulière.
Le criblage permettait jusqu’alors de cerner si un variant a des chances d’être Delta, Beta, Gamma ou quelque chose de totalement différent. Le problème, comme nous l’expliquions récemment, c’est que la stratégie de criblage a été modifiée pour tenter de mieux cerner Omicron... créant en réalité du flou sur notre vision des variants de l’épidémie de Covid-19.
Retard à la détection
Le nouveau criblage permet de cerner trois mutations liées à Omicron. Dans l’idée, c’est mieux, mais dans la pratique, c’est loin d’être évident. “Pour l’instant, on a un nombre limité de laboratoires qui peuvent tester” le nouveau protocole mis en place, précise Clara Blondel de Santé publique France. C’est notamment pour cela que ces données ne sont pas rendues publiques.
Sur la semaine passée, du 6 au 12 décembre, seuls 3% des tests PCR ont été criblés avec cette nouvelle méthode. C’est peu, quand on sait que le but, c’est de détecter des signaux faibles dans des régions ou départements. Si Santé publique France était questionnée sur une hausse de cas possible d’Omicron en Île-de-France, c’est justement parce que plusieurs chercheurs ont alerté sur Twitter concernant une possible hausse dans la région.
Dans les quelques données encore publiques, on voit en effet un signal faible : la mutation qui permet de dire qu’un cas est sûrement lié à Delta est en baisse ces derniers jours. En conséquence, le nombre de cas infectés par un coronavirus qui n’a pas cette mutation liée à Delta est en hausse, comme on peut le voir sur le graphique ci-dessous.
C’est un signal très faible pour plusieurs raisons. D’abord, car en termes de volumes, Delta reste majoritaire. Mais, comme on peut le voir ci-dessous, la hausse est assez forte, alors même que les chiffres utilisés, communiqués par Santé publique France, sont une moyenne sur 7 jours.
De plus, le nombre de tests criblés avec cette ancienne méthode et rendus publics baisse régulièrement depuis le changement de méthodologie. On est passé de plus de 50% des tests positifs criblés à moins de 27%. En clair, le thermomètre est de moins en moins précis.
Aussi, note avec justesse l’agence de santé, le fait que la mutation liée à Delta ne soit pas présente ne garantit pas que le variant Omicron se cache derrière. “Cette baisse pourrait correspondre à des cas d’Omicron, mais aussi à des cas de B.1.640 [plus de détails sur ce variant à suivre de près dans notre article, NDLR], c’est pour cela que le séquençage est nécessaire”, précise Clara Blondel.
Course de vitesse (perdue d’avance ?)
Il est évident que le séquençage est essentiel pour discerner les types de variants qui circulent. Mais la situation actuelle demanderait à réagir beaucoup plus vite que ce que permet le séquençage. Les données provenant de nos voisins sont assez claires. Au Royaume-Uni ou au Danemark, où Omicron a pris pied avant la France, sa progression est fulgurante, du jamais-vu (même si l’impact de cette vague sur les formes graves est encore à définir).
Il a suffi de quelques jours à Omicron pour être dominant à Londres. Entre le 1er et le 13 décembre, on est passé de quelques dizaines de cas suspects à plusieurs milliers, comme le montre le graphique ci-dessous, réalisé par le chercheur Theo Sanderson. Le 13 décembre, 71,9% des cas étaient des suspicions d’Omicron alors qu’il était quasiment indétecté fin novembre.
71.9% of cases in London with specimens from 13 December were Omicron.
Overall London cases are already reaching the maximum values ever seen in the pandemic. pic.twitter.com/CJF5kQqBpl— Theo Sanderson (@theosanderson) December 16, 2021
Face à cette question de temporalité, Santé publique France rappelle que pour ces réflexions sur les stratégies de criblage, des discussions ont lieu avec le ministère de la Santé, les laboratoires ainsi que les Centres nationaux de référence (qui s’occupent en grande partie du séquençage).
Santé publique France affirme regarder “les indicateurs en données quotidiennes”, mais n’a pas donné plus de détails sur la situation actuelle, renvoyant au prochain point épidémiologique hebdomadaire, qui sera publié entre le 23 et le 24 décembre. Face à un variant qui, dans les autres pays, double tous les 3 jours, la pertinence d’un suivi hebdomadaire pose question.
Grégory Rozières
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